Das gefährliche Schnarchen (obstruktive Schlafapnoe) führt jedoch zu längeren Atempausen von mehreren Sekunden bis hin zu fast einer Minute. Der hierdurch entstehende Sauerstoffmangel führt zu einem Reflex, der den Patienten aufweckt. Die Muskulatur spannt sich an, die normale Atmung setzt wieder ein. Auch wenn diese Weckreaktion selten zum spürbaren Erwachen führt, stört sie den Schlafrhythmus und verhindert so einen erholsamen Schlaf.
Nervosität und Konzentrationsschwäche sind die Folgen. Akute Tagesmüdigkeit bis hin zu Phasen von kurzem Einnicken über den Tag (Sekundenschlaf) können die Lebensqualität stark beeinträchtigen. Oft beobachten die Patienten auch Blutdruckspitzen oder schwer einstellbare Blutdruckschwankungen. Typisch ist auch, dass die Atmung wieder einsetzt, wenn der Bettnachbar den Schnarcher wachrüttelt oder seine Lage ändert (ihn zum Beispiel auf die Seite dreht). Hierdurch wird die Muskulatur im Rachenraum angespannt, die Zunge verändert ihre Lage und die Enge in den Atemwegen wird eröffnet.